I Haderslev Domkirke findes - som efter danske forhold ganske sjældent - tre orgler:

HOVEDORGLET
Det største af disse - hovedorglet på vestgavlen - er oprindeligt bygget af Viborgmesteren Peter Carstensen i 1652. Kun øverste pulpiturs facade i bruskbarok - udført af lokale håndværkere - er bevaret, idet selve værket, som havde 24 stemmer, blev erstattet i 1893 af et "Interimsorgel", bygget 1863 til Sct. Nicolai kirke i Hamburg af Furtwängler & Söhne. Dette orgel blev ombygget i 1932 af det verdensberømte orgelbyggeri Marcussen & Søn i Aabenraa. Ved Domkirkens hovedistandsættelse i 1941-51 blev orglet i det væsentlige nybygget af Marcussen & Søn. I 1976-77 gennemførte firmaet en omfattende ajourføring, hovedsagelig af teknisk art. I efteråret 2013 har orglet, efter mange års intensivt brug, gennemgået en større teknisk istandsættelse.

Orglet, der med sine 73 stemmer  og godt 5500 piber er et af Danmarks største, er internationalt kendt for sine fornemme klanglige kvaliteter. 

Instrumentet er delt i to hovedafdelinger: På øverste pulpitur et klassisk orgel med Hovedværk, Rygpositiv, Brystværk og Pedal med tilsammen 46 stemmer, forsynet med mekanisk traktur. Delvis forsænket bagest på underste pulpitur findes et Svelleværk på 19 stemmer og 8 selvstændige pedalregistre. Denne afdeling kan betjenes herfra ved sit eget spillebord (med 2 klaviaturer og pedalklaviatur). Hele orglet kan spilles fra hovedspillebordets 4 klaviaturer og pedal på øverste pulpitur. 

Orgelfacaden udmærker sig ved meget smukke,  geometriske afbalancerede proportioner. 
På toppen af hovedorglet og de vældige pedaltårne krones den oprindelige barokfacade (1652) af figurer af David og basunblæsende engle. 
På Rygpositivet  ses Jesu monogram samt Frederik III's og Sophie Amalies monogrammer. 
På friserne Ahlefeldts og Rantzaus våben og latinske indskriftbånd:

"Hver sjæl skal prise Herren",
"Hellig er den Herre Sebaoth" og
"Gud alene æren".
 

Sangerpulpituret fra 1653 blev ved en restaurering i 1845 flyttet fra sin oprindelige plads over det daværende vestlige korgitter og anbragtes som orglets underpulpitur. I fyldingerne ses malerier på landskabelig baggrund af de fire store og ni af de små profeter.
 

 

SISEBY-ORGLET

Orglet på pulpituret i nordre sideskib er bygget i 1819 af Jürgen Marcussen til kirken i Siseby ved Slien i Sydslesvig, hvor det var i brug i næsten 150 år. Marcussen & Søn byggede i 1968 et nyt orgel i Siseby. Det gamle blev nedtaget og derefter i 1985-86 med hjælp fra indsamlede midler restaureret og genopstillet i Domkirken af firmaet under medvirken af arkitekt m.a.a. Rolf Graae. 

Sisebyorglet er det ældste bevarede, danskbyggede orgel i sin størrelse og betegnes som Marcussen-firmaets Opus 1.

Det har 8 gennemgående registre, der ved et sindrigt transmissionssystem,  som firmaets grundlægger Jürgen Marcussen var den første til at anvende i det omfang, udvikler 17 stemmer, fordelt på 2 manualer og pedal. Orglet fremtræder i dag i den skikkelse, som det fik ved en mindre ombygning i 1826. Orglets pibeværk er i det store og hele intakt, og det har kun været nødvendigt at rekonstruere et enkelt register komplet. 

Fra koret skimtes bag gitterværket orglets store kassebælge. Denne  opfindelse, der tilskrives nævnte Jürgen Marcussen, og som fik betydning for orgelbygningen i hele Europa i næsten 100 år, anvendtes for første gang i dette orgel. De nu anvendte, tilsvarende bælge er dog af noget nyere dato, nemlig fra 1871 og 1890.

 

KOR-ORGLET
Det lille kororgel oven for døbefonten er også et "Opus 1". Det er tegnet og bygget i 1983-84 af Anders Havgaard Rasmussen. Orglet er blandt andet bemærkelsesværdigt ved sit materialevalg, som spænder lige fra det mørke 4500 år gamle mose-eg i nodepult, klaviatur og registerudtræk til det hvælvede tag af glasfiber. Kororglet har 4 delte registre - plus en selvstændig Regal, udført i 1991.